O futebol chegou a Sertãozinho no final do século XIX, trazido por ingleses como A.Holland e Victor Pitcher. Os jogos eram realizados no Largo São Sebastião, onde hoje se encontram a Cadeia Pública, a Casa da Cultura e o Fórum, e entre as primeiras equipes podemos citar União, XV de Novembro (que mais tarde se fundiram como Internacional), Sertanezino, Operário, Mogiana, Palestra Itália, Sete de Setembro, Jahú, Sertãozinho, Guarani e Aliança Liberal.

O Sertãozinho FC foi fundado oficialmente no dia 6 de agosto de 1944, após uma reunião entre um grupo de esportistas da cidade para a criação de um novo time. O primeiro presidente escolhido foi Enéas Sílvio Bordin e a equipe logo começou a participar dos campeonatos amadores da Liga Ribeirãopretana de Futebol, à qual era filiada.

O primeiro título foi conquistado em 1954, quando o Sertãozinho FC dividiu a taça de campeão amador da Liga com Cajuru. Dois anos mais tarde o time conquistou o Torneio Cinqüentenário de Sertãozinho.
No início dos anos 60, uma crise fez o clube fechar as portas. No entanto, em 1969, pouco depois da inauguração do estádio Frederico Dalmaso, um grupo de empresários liderados por Antonio Eduardo Tonielo fez com que o Sertãozinho FC ressurgisse. E logo de cara a equipe já conquistou os títulos da recém criada Liga Sertanezina de Futebol e da Liga Araraquarense, vencendo na final o Botafogo de Bebedouro.

Profissionalizado, o Sertãozinho FC passou a disputar o Campeonato Paulista a partir de 1970. No primeiro ano perdeu o acesso numa decisão polêmica contra o Rio Branco de Ibitinga, mas em 1971 conquistou o título sobre o Rio Claro e o direito de disputar a Primeira Divisão – atual Série A2.
Uma nova crise financeira levaria o clube de volta à Terceirona no final dos anos 70, mas em 1982 o Sertãozinho FC já estava de volta à Segunda Divisão e por duas vezes esteve bem próximo do Paulistão. Numa delas, em 1986, o time tinha como presidente o comendador Alcídio Balbo e no campo craques como Baroninho, Vidotti, Rosemiro, Maxwell e Brecha.

Na metade da década de 90 o Sertãozinho FC viveu sua pior fase, chegando a disputar a Série B1-B – equivalente à Quinta Divisão. Foi aí que surgiu a dupla de empresários José Alberto Gimenez e Antonio Aparecido Savegnago. Com o primeiro na presidência, o time ganhou logo de cara o acesso à Série B1.
A partir de 2000, com a eleição de Gimenez para a prefeitura de Sertãozinho e a entrada de Toninho Savegnago na presidência do Sertãozinho FC, o time passou a acumular seguidos acessos, até conquistar o inédito direito de disputar o Campeonato Paulista da Primeira Divisão.

A partir de 2000, com a eleição de Gimenez para a prefeitura de Sertãozinho e a entrada de Toninho Savegnago na presidência do Sertãozinho FC, o time passou a acumular seguidos acessos, até conquistar o inédito direito de disputar o Campeonato Paulista da Primeira Divisão.

O primeiro acesso ao Paulistão veio em 2006. Na ocasião, o Touro foi vice-campeão da série A2. Em 2007 e 2008, o Sertãozinho disputou a primeira divisão. Foi rebaixado à A2 novamente em 2008. Na temporada de 2009, outro acesso para a história.

No Paulistão de 2010 caiu para a A2. Em 2011, foi rebaixado à série A3, onde permaneceu até 2016, temporada coroada com o acesso e o segundo título grená na competição.

Em 2017, o Touro dos Canaviais retorna à série A2 e busca o terceiro acesso ao Paulistão de sua história.